Pejabat Rektorat adalah Rektor dan para Wakil Rektor, bertugas antara lain menjalankan fungsi pengelolaan universitas secara keseluruhan, melaksanakan penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada kepada masyarakat, membina sivitas akademika (dosen & mahasiswa) serta membina hubungan dengan alumni, baik dilingkungan universitas dan masyarakat. Rektor diangkat/diberhentikan oleh Majelis untuk masa jabatan 5 tahun, setelah melalui proses pemilihan yang diadakan khusus dalam suatu rapat terbuka Majelis.
Pimpinan UMI Masa Amanah 2010 – 2014 adalah :
- Prof. Dr. Hj. Masrurah Mokhtar, MA (Rektor).
- Prof. Dr. H. Syahnur Said, MSi (Wakil Rektor I Bidang Akademik).
- Dr. Ir. H. Iskandar BP, MSc (Wakil Rektor II Bidang Administrasi dan Keuangan).
- Prof. Dr. H. Achmad Gani, SE, MSi (Wakil Rektor III Bidang Kemahasiswaan dan Alumni).
- Prof. Dr. Ir. H. Abdul Makhsud, DEA (Wakil Rektor IV Bidang Perencanaan dan Kerjasama).
- Dr. H. M. Arfah Shiddiq, MA (Wakil Rektor V Bidang Pembinaan Kampus Islami).