Yayasan Wakaf UMI telah memasuki babak baru, dengan penyempurnaan organisasi yayasan yang dituangkan dalam Perubahan Akte Yayasan Wakaf UMI pada tanggal 6 Juni 2005 Nomor 43 oleh Notaris Abdul Muis, SH, MH yang telah disesuaikan dengan Undang-Undang No. 16 Tahun 2001 dan Undang-Undang No. 28 tahun 2004, dengan komposisi pengurus yang terdiri dari :
Pembina
Ketua : Prof. Dr. H. Mansyur Ramly, SE, MS
Anggota : Prof. Dr. H. Umar Syihab
Anggota : H. Muh. Mokhtar Noer Jaya, SE.,M.Si.
- Pengurus
Ketua : Prof. Dr. Hj. Masrurah Mokhtar, MA.
Sekretaris : H. Abd. Halim, SH.,MH.
Ketua Bidang :
– Prof. Dr. H. Hambali Thalib, SH.,MH.
– Ir. H. Lambang Basri Said, MT.,Ph.D.
– H. M. Rusjdin, SE.,MM.,Ph.D.
– Dr. Ir. H. Annas Boceng, MS.
Bendahara : Dr. H. Annas Plyriadi, SE.,M. - Pengawas
Ketua : Prof. Dr. H. Syahrir Mallongi, SE.,M.Si.
Sekretaris : Dr. H. Annas Plyriadi, SE.,MM.