Yayasan Wakaf UMI telah memasuki babak baru, dengan penyempurnaan organisasi yayasan yang dituangkan dalam Perubahan Akte Yayasan Wakaf UMI pada tanggal 6 Juni 2005 Nomor 43 oleh Notaris Abdul Muis, SH, MH yang telah disesuaikan dengan Undang-Undang No. 16 Tahun 2001 dan Undang-Undang No. 28 tahun 2004, dengan komposisi pengurus yang terdiri dari :
- Pembina
Ketua : Prof. Dr. H. Mansyur Ramly, SE, MS
Sekretaris : H. Muhammad Serang, SE, M.Si
Anggota : Prof. Dr. H. Umar Syihab - Pengurus
Ketua : H. Muh. Mokhtar Noer Jaya, SE, M.Si
Sekretaris : H. Abd. Halim, SH.,MH.
Ketua Bidang :
– Prof. Dr. Hj. Masrurah Mokhtar, MA.
– Ir. H. Lambang Basri Said, MT.,Ph.D.
– H. M. Rusjdin, SE.,MM.,Ph.D.
– Dr. Ir. H. Annas Boceng, MS.
Bendahara : Hj. Rosnaningsih Aras, SE.
Anggota :
– Prof. Dr. Ir. H. M. Natsir Nessa, M.Sc.
– Prof. Dr. H. Abdul Latif, SH.,MH.
– Prof. Dr. H. Hambali Thalib, SH.,MH. - Pengawas
Ketua : Prof. Dr. H. Syahrir Mallongi, SE.,M.Si.
Sekretaris : Dr. H. Annas Plyriadi, SE.,MM.