Yayasan Wakaf UMI telah memasuki babak baru, dengan penyempurnaan organisasi yayasan yang dituangkan dalam Perubahan Akte Yayasan Wakaf UMI pada tanggal 6 Juni 2005 Nomor 43 oleh Notaris Abdul Muis, SH, MH yang telah disesuaikan dengan Undang-Undang No. 16 Tahun 2001 dan Undang-Undang No. 28 tahun 2004, dengan komposisi pengurus yang terdiri dari :
Pembina
Ketua : Prof. Dr. H. Mansyur Ramly, SE, M.Si.
Anggota : Prof. Dr. H. Umar Syihab
Pengurus
Ketua : Prof. Dr. Hj. Masrurah Mokhtar, MA.
Bendahara : Dr. H. Annas Plyriadi, S.E.,M.M.
Sekretaris : H. Abd. Halim, S.H.,M.H.
Ketua Bidang Pengembangan dan Pengendalian Usaha, Rumah Sakit dan Aset YW-UMI:
Dr. Ir. H. Annas Boceng, M.S.
Ketua Bidang Hukum dan Pengembangan Pengendalian Pendidikan YW-UMI:
Prof. Dr. H. Hambali Thalib, S.H.,M.H.
Ketua Bidang Pengembangan dan Pengendalian Program YW-UMI:
Prof. Ir. H. Lambang Basri Said, MT.,Ph.D.
Anggota Pengurus:
Prof. Dr. Ir. H. M. Natsir Nessa, M.Sc.
Prof. Dr. H. Abdul Latief, S.H.,M.H.
Prof. Dr. H. Muh. Nasir Hamzah.
Pengawas
Anggota Pengawas:
Hj. Rosnaningsih Aras, SE.
Kepala Pusat Administrasi Umum dan Keuangan Pengurus YW-UMI
Dr. Drs Taupan, MM.
Kepala Pusat Pengelolaan Aset dan Pesantren Pengurus YW-UMI
Muhammad Nur, S.E.,M.Ak.
Kepala Pusat Pengembangan SDM Pengurus YW-UMI
Hj. Rahmatiah, SE .
Kepala Pusat Usaha-Usaha Sosial Pengurus YW-UMI
Dra. Hj. Nurjaya, S.H.,M.H.
Kepala Pusat Hubungan Timur Tengah YW-UMI
Drs. H. Usman Ismail, M.Ag.
Kepala Pusat Perencanaan, Pengendalian dan Pengawasan Sarana & Prasarana YW – UMI
Ir. H. Arsyad Fadhil, M.T.
